个人独资企业在遭遇火灾时，其损失在一定条件下是可以作为税前扣除的。根据《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第二十七条的规定，存货在报废、毁损或变质时产生的损失，应当以其计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额为计算基础。
为了确认这些损失，需要提供以下几类证据材料：
（一）存货计税成本的确定依据；
（二）企业内部关于存货报废、毁损、变质、残值情况说明及核销资料；
（三）如果涉及责任人赔偿，则应有赔偿情况说明；
（四）对于数额较大的损失（指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上），应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。
因此，当个人独资企业因自然灾害（如火灾）导致存货报废时，应根据上述文件要求准备相关资料，并通过专项申报的方式向税务机关进行税前扣除申报。
