当企业收到的增值税专用发票因污染而无法认证时，应采取以下步骤处理：首先，将发票退回给开票单位。接着，可以选择作废重开或开具红字发票。如果决定开具红字发票，购买方需填写《开具红字增值税专用发票申请单》，并在该申请单上详细说明具体原因及对应的蓝字专用发票信息。完成申请后，需提交给主管税务机关审核，审核通过后，税务机关将出具《开具红字增值税专用发票通知单》。
