根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)，在处理土地增值税清算时，如果商品房销售发票已经全额开具，则收入确认基于发票上所列金额；若未开具发票或未完全开具，则应以买卖双方签订的销售合同中约定的售房金额及其他相关收益作为收入依据。当销售合同中记载的房屋面积与官方测量结果不符，并且在此之前已经完成了补交或退还房款的操作，那么在计算应缴纳的土地增值税时应对此进行相应的调整。
