滞纳金和罚款在形式上非常接近，它们都是在纳税人有税收违法行为后，税务机关根据《征管法》有关规定，对其课予新的金钱给付义务。然而，尽管两者在表面上相似，但在实际操作中存在显著差异。以下是它们的主要区别：
一、目的不同。“滞纳金”旨在促使纳税人自觉履行纳税义务，一旦间接执行目的实现，即停止实施；而“罚款”是对纳税人的行政违法行为的经济制裁，达到教育其不再违法的目的，具有告诫作用。即使纳税人对自己的税务违法行为进行了改正，但税务机关事后仍可对其违法行为进行罚款。
二、范围不同。“滞纳金”只针对纳税人未按期缴纳税款行为；而“罚款”可以针对《征管法》中规定的可以给予罚款的各类违法行为。例如，未按规定申报纳税行为，违反发票使用、管理规定行为，未按规定办理税务登记证件行为等等。
三、使用频率不同。“滞纳金”不同于行政处罚，它是按日累计，可以多次重复课处。相对方在被科处金钱给付义务后，仍不履行，可再次科处，直至履行；而相对人的同一行政违法行为，税务机关只能依法处罚一次，不宜一事再罚。
四、标准不同。“滞纳金”加收只针对纳税人未履行缴纳税款义务为前提，不任其课税金额大小，一律从滞纳之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金；而“罚款”是针对违反《征管法》规定的各类违法行为为依据进行处罚。罚款额度视其情节轻重、手段恶劣程度来确定。
五、求助途径不同。新《征管法》第八十八条规定：“纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议。”无论有无理由，先缴完滞纳金后，再经过行政复议程序后，才能提起行政诉讼；而纳税人对罚款有异议，不需要先行缴纳或提供担保即可申请行政复议，也可以直接提起行政诉讼。
