当科技型企业成功申报国家科研项目并获得批准后，国家会下拨相应的科研经费。企业收到这笔专项拨款时，应将其记入“专项应付款”科目中。《企业会计制度》第七十六条明确规定：企业收到的专项拨款应当作为专项应付款处理。在项目完成后，对于需要核销的部分，应冲减专项应付款；剩余的资金则转入资本公积账户。此外，为了更精确地核算科研项目研究过程中发生的相关支出，还增设了一个名为“科研成本”的新科目。这个科目用于记录从项目开始到结束期间的所有直接费用，直到项目真正完成之前都不会进行结转，因此年末可能会有余额存在。
对于那些专门为了研究目的而购置或使用过的固定资产，在其使用寿命内所计提的折旧也应计入“科研成本”科目。一旦项目结束，这些费用就可以转移到“管理费用”等其他相关科目中去。当一个科研项目最终结束时，负责下达任务的相关机构将联合省级科研管理部门组织专家团队对成果进行评估鉴定。如果成果达到了申请专利的标准并且确实获得了专利权，那么除了注册费、律师咨询费等额外开支外，还需要将它们一并记入“无形资产”科目之下，并通过增加资本公积金额来反映这一点；同时减少专项应付款和科研成本两个科目上的金额。
对于那些虽然达到了专利水平但并未实际申请专利的情况，可以直接根据“科研成本”科目中的余额来进行账务处理——即借记“无形资产”，贷记“资本公积”，并相应调整专项应付款与科研成本之间的关系。而对于形成的无形资产而言，则需要在其合理的使用寿命期限内按照一定规则进行摊销处理。另一方面，如果某项研究未能取得预期效果或者其成果已经被市场上更先进的技术所取代而失去了价值，则经过正式审批程序之后可以予以注销。在这种情况下，同样需要做一笔相反方向的分录：借记“专项应付款”，贷记“科研成本”。最后，当整个项目终止或者完全结束后，如果发现专项应付款账户还有未用完的资金结余，则应该将其转入资本公积账户中保存起来。
