在项目启动初期,支付的费用处理需依据实际情况灵活调整。若企业项目尚未进入执行阶段,可先行开具收据,或选择开具预收款的发票作为凭证。一旦项目步入实际执行阶段,则应根据工程进展的具体完成度来开具相应的发票。对于前期已支付的费用,其处理方法为直接冲减预付账款或预收账款的余额,确保财务记录的准确性与合理性。