矿石运输费用可抵扣。根据《财政部 国家税务总局关于运输费用和废旧物资准予抵扣进项税额问题的通知》（财税[1994]12号）的规定，增值税一般纳税人外购货物所支付的运输费用，可以依据运费结算单据（普通发票）上的运费金额来计算进项税额并予以扣除。然而，与运费一同支付的装卸费、保险费等其他杂费则不能计算进项税额进行扣除。最新的准则是，只能根据运费专用发票上的税额来进行抵扣。
