根据国税函[2001]248号文件的规定，增值税一般纳税人的棉花经营单位在向农业生产者购买免税棉花时，可依据农产品收购凭证上标明的收购金额，按照13%（现行税率为9%）的税率来计算抵扣进项税额。然而，需要注意的是，“棉花经营单位”这一概念并不包括良种棉加工厂和纺织企业。对于直接从农业生产者手中购入免税棉花的良种棉加工厂和纺织企业而言，他们应当以9%的税率来进行抵扣。
