《关于失控增值税专用发票处理的批复》（国税函〔2008〕607号）明确指出，当购买方主管税务机关在认证过程中发现失控发票时，应按照相关法规将该情况移交给稽查部门进行协查。如果销售方已经申报并缴纳了相应的税款，那么销售方主管税务机关可以出具书面证明，并通过协查系统将此回复发送给购买方主管税务机关。在这种情况下，该失控发票可以被用作购买方抵扣增值税进项税额的有效凭证。
一旦经过主管税务机关的协查确认销货方确实已经申报并缴纳了税款，并且取得了销售方主管税务机关出具的书面证明，那么这部分失控发票就可以被用来抵扣进项税额了。
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