根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）的规定，在土地增值税的清算过程中，如果开发商已经全额开具了商品房销售发票，那么收入将按照发票上所注明的金额来计算。反之，对于那些尚未开具发票或是未全额开具发票的情况，则应以买卖双方签订的销售合同中约定的售房金额及其他相关收益作为收入的依据。此外，当销售合同中所记载的房屋面积与政府部门实际测量得出的数据存在差异时，如果在清算之前已经发生了补交或退还购房款的行为，那么这些变动应当在计算土地增值税的过程中得到相应的调整。
