一、运输发票的范围限定。增值税一般纳税人在购买和销售货物（不包括固定资产）时，支付的运输费用必须来自国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票，或非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。这排除了货运定额发票的抵扣资格。
二、允许抵扣的费用规定。可抵扣的运费金额仅限于运输单位开具的货票上明确标注的运费和建设基金，不包括装卸费、保险费等其他杂费，如京九费、快件费等。此外，只有铁路运输部门开具的货票上的特定项目，如运输建设基金、临管铁路运费及新线运费（包括但不限于大秦煤运费、京九分流加价等），才符合抵扣条件。
三、运输发票内容的完整性与一致性。准予扣除的运输发票需要完整填写发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物种类、货物数量、运输单位、运输金额等所有项目，并且这些信息必须与购货发票上的相应项目完全一致。任何不相符的情况都将导致抵扣资格的丧失。
四、运输费用价格的合理性。税务机关有权审查所支付的运输费用是否合理，如果发现价格不合理，将不予抵扣。这一规定旨在防止逃税行为，确保税收政策的公平执行。
