发行股票询证函的原因很多，也各不相同。上市公司主要包括监管函、问询函和关注函。发出问询函是为了加强市场监管，净化股市氛围。
问询函之所以发出，是因为交易所向上市公司发送了重要信息或在审核上市公司提交的信息时发现了一些问题，起到了通报的作用，要求上市公司补充相关信息，核实相关问题。另一方面，问询函看似在质疑公司，实则在提醒投资者。所以，投资者如果发现持有股票的上市公司收到了问询函，不要急着否定这个公司，先了解一下股票被问询的原因。很多刚进入股市的新人觉得股票收到了询证函，一定是因为发生了什么事。他们的第一反应是迅速卖出股票。但实际上，股票收到询证函的情况有大有小。股票收到询证函的一般有以下原因：
一、披露不完整或不准确
不完整主要体现在应填列内容缺失或未披露，
不准确主要体现在本年年报报上的本期金额与上年年报披露的本期金额不一样；数据内容与财务报表及附注不一样逻辑关系不通等，这个一般上市公司补充完整就可以了，问题不是特别大。
二，资金被占领
一般表现在“其他应收款”科目为个人的大额借款，“应收账款”科目有很大的余额，还有进行资金交易的关联方将资金占作他用。
三，研发支出
企业相关研发费用占比符不符合相关规定，有没有发生超比例研发项目，高新技术企业的资质合不合格。
四、增长百分之一千以上
营业收入、应付及预付款项、净利润突然增长1000％以上。没有特殊原因是做不到的。如果企业不说明，肯定会收到询证函，所以要说明清楚原因，让投资者放心。
五、奇怪的负数和零
主要是异常负数和零。
例如，1.某公司办公地址位于上海和深圳，根据员工人数的增加和应付员工工资的增加，平均月薪不到2000元。请说明员工工资的合理性，并要求证券公司检查员工的就业和社保缴纳情况。
2.公司年报披露，申请专利50余项，都是实用新型和外观专利。请结合行业情况说明研发专利和研发，投资的具体进展，分析研发专利平均费用8100元、研发时间平均不到3天的合理性。
六、审计报告问题
如果会计师事务所进行审计，他们会发现更多的问题。如果会计师事务所指出问题，他们必须解释清楚。如果你不能解释，投资者必须知道这是怎么回事。这对股价肯定会有一定的影响。
一、披露不完整或是不准确
不完整主要体现在应该填列的内容漏填或者未披露，比如利润表中“营业总成本”项目未填列，未披露主要客户及供应商情况，合并利润表中未填列稀释每股收益，没有披露董事、监事、高级管理人员的持股情况等。
二、是否履行承诺
通过年报披露事项，反查公司临时公告。结合公司章程和相关法规，该事项是否履行必要的程序并披露。总之，收到问询函之后，企业必须补充披露承诺事项的履行情况。
三、资金占用
主要体现在“其他应收款”科目下大额个人借款、“应收账款”科目下大额余额，以及资金往来是否涉及关联方资金占用。
