当增值税专用发票超过认证期未能及时进行抵扣，且此情况是由购买方的主观原因引起的，那么相关进项税额将无法进行抵扣。在国家尚未发布新的相关规定之前，这种情形没有相应的补救措施。
对于增值税一般纳税人，若发生了真实的交易但因客观原因导致增值税扣税凭证逾期，经过主管税务机关的审核、上报，并由国家税务总局进行认证和稽核比对后，如果对比结果相符，那么允许该纳税人继续抵扣其进项税额。这些客观原因包括：
（1）由于自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素导致的增值税扣税凭证逾期；
（2）增值税扣税凭证被盗窃、抢劫，或因邮寄过程中丢失、误递而逾期；
（3）在办理业务或检查中，有关司法、行政机关扣押了增值税扣税凭证，使得纳税人无法正常履行申报义务，或者是税务机关的信息系统、网络出现故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等，导致增值税扣税凭证逾期；
（4）买卖双方因经济纠纷未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
（5）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
除了上述（1）至（5）的情况外，如果发票的价税合计金额已经计入相关的成本或费用中，则无需再进行其他操作。
