重新开具的运输发票是允许抵扣进项税的。
根据《国家税务总局关于印发〈国家税务总局关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理的公告〉的通知》（国税发〔2003〕120号）文件规定：纳税人取得的自2003年10月31日起以后开具的运输发票，必须在开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣。如果超过90天未申报抵扣，则不得进行抵扣。目前，认证抵扣的时间限制已经取消，只要取得的运输发票真实、可信且符合相关规定，就可以按规定抵扣进项税。
