根据《印花税暂行条例》及《施行细则》，营业账簿，包括生产
经营用账册和记载资金的账簿，按照实收资本和资本公积之和的万分之五贴花。其他账簿案件则需缴纳5元。应纳税凭证应在书立或领受时贴花，即合同签订、书据立据、账簿启用和证照领受时。若记载资金的账簿已贴花后，以后年度资金总额增加部分，仍需按规定贴花。
因此，在“三证合一”登记制度下，新办企业应在设立时按实收资本和资本公积合计金额缴纳印花税，以后年度若两者合计金额增加，则需在增加时申报并缴纳印花税。
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