劳务派遣单位在处理税务问题时，可依据财税[2003]16号文进行差额计税。具体来说，一般纳税人在提供劳务派遣服务时，可以选择按照《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的规定，以取得的全部价款和价外费用为销售额，采用一般计税方法计算并缴纳增值税。此外，也可以选择差额纳税方式，即以取得的全部价款和价外费用为基础，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利以及为其办理的社会保险及住房公积金后的余额作为销售额，按照简易计税方法按5%的征收率计算并缴纳增值税。
