事业单位在采用财政部门直接支付方式下的会计处理流程如下：
1. 当发生支出时，事业单位需要根据收到的“财政直接支付入账通知书”及相关凭证，将相应的款项直接记入“财政补助收入”。
2. 在财政直接支付模式下，年度结束时，如果本年度的财政直接支付预算指标数与当年的实际支出数之间存在差额，则应借记“财政应返还额度——财政直接支付”科目，同时贷记“财政补助收入”科目。
3. 在下个年度恢复财政直接支付额度后，若事业单位通过财政直接支付方式进行实际支出，则需要借记“事业支出”等相关科目，并贷记“财政应返还额度——财政直接支付”科目。
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