挂靠经营在增值税方面，依据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），若单位通过承包、承租或挂靠方式运营，且实际经营者（承包人）以名义持有人（发包人）的名义进行商业活动并由后者承担法律责任，则该名义持有人被视为纳税人。反之，若实际经营者自行承担纳税责任，则其为纳税人。这一规定确认了挂靠经营模式在税务上的合法性。
此外，《国家税务总局关于纳税人对外开具增值税专用发票有关问题的公告》中也明确指出，挂靠方使用被挂靠方的名义向第三方开具增值税专用发票时，应以被挂靠方为纳税人。这意味着，被挂靠方作为货物销售者或应税服务提供者，需按照相关规定向第三方开具增值税专用发票，此行为符合政策要求。由于被挂靠方已在合同总额基础上预缴税款，挂靠经营不会对增值税的纳税义务造成实质性影响。然而，它却可能对所得税的计算基础产生显著影响。
