在处理员工福利费用的个税问题时，我们可以进行如下分析：
1、现金发放住房补贴，
员工获得的住房补贴应视为工资或薪金所得。作为个人所得税的扣缴义务人，公司在代扣员工工资和薪金所得税时，需将该补贴纳入员工当月工资总额中，并据此计算个人所得税。
2、公司为员工提供免费住宿，
个人所得可以包括现金、实物、有价证券以及其他形式的经济利益。如果公司提供免费的居住场所给员工，那么这种福利也应被视作员工的其他形式经济利益，属于工资或薪金所得的一部分。因此，公司需要将这部分租房费用计入员工的工资总额中，并负责代扣代缴相关的个人所得税。
3、员工个人租房后凭发票向公司报销，
无论租房发票上写的是个人还是公司的名字，只要员工通过报销方式从公司获得了这部分费用，它都应该被视为员工的工资或薪金所得的一部分。因此，公司同样需要将这些报销的租房费用计入员工的工资总额，并负责代扣代缴相应的个人所得税。
