分公司在缴纳增值税时，面临两种不同的情况。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条的规定，固定业户需要向其机构所在地的主管税务机关进行纳税申报。如果总机构和分支机构位于不同的县市，那么它们应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。然而，经过国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关的批准，总机构可以汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
因此，对于已经办理了税务登记的分公司而言，它被视为一个独立的增值税纳税人，需要单独进行申报并缴纳增值税。反之，对于那些未办理税务登记的分公司，如果得到了国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关的特别批准，则可以由总机构负责汇总并缴纳增值税。
