申请增值税专用发票的流程如下:首先,携带单位的营业执照、公章、发票专用章、法人代表身份证以及经办人身份证等相关资料。接着,前往税务局填写《票种核定申请审批表》,并将该表格提交至发票审批窗口以办理发票申领手续。最后,在领取到发票后,可以根据实际收入情况向购买方开具相应数量、单价及金额的发票。