未能及时办理退税，企业需履行申报纳税义务。
根据《国家税务总局关于出口企业未在规定期限内申报出口货物退（免）税有关问题的通知》（国税发[2005]68号），自2005年5月1日起，若外贸公司在货物报关出口之日起90天内未向主管税务机关的退税部门提交出口退税申请，除非有特别的规定或存在特殊原因，并得到市级以上税务机关的批准，否则企业必须向主管税务机关的征税部门进行纳税申报，并计提销项税额。其计算方法如下：
（一）对于一般纳税人，销项税额的计算公式为：销项税额=（出口货物离岸价格×外汇人民币牌价）÷（1 法定增值税税率）×法定增值税税率。
（二）而对于小规模纳税人，应纳税额的计算公式则为：应纳税额=（出口货物离岸价格×外汇人民币牌价）÷（1 征收率）×征收率。
